目前引起结缔组织病的原因还不十分明确，但一般认为和遗传因素、感染、以及免疫紊乱。
另外，药物、外界的环境等都可能会引起结缔组织疾病的发生，结缔组织疾病是一种多基因的疾病，可能和体内的免疫功能异常有很大的关系。
研究发现绝大多数结缔组织疾病的患者体内都有自身抗体的存在，并且很多结缔组织疾病还具有一定的遗传性，就是体内携带的一些易感基因和其他人相比更容易引发结缔组织病，一些感染因素和外界环境的刺激也可能导致体内的免疫异常，从而诱发本病。