做无痛肠镜检查需要打麻药，无痛肠镜的麻药一般是采用丙泊酚，是经静脉注射入患者体内，使患者进入睡眠状态，然后完成肠镜检查。
无痛肠镜检查使用的麻醉药物代谢非常快，当患者肠镜检查完成，停用麻醉药物后，患者在十余分钟左右就会醒来，醒来后短期内患者可能会产生头晕等不适，但一般半小时到一小时左右症状就会缓解。而且无痛肠镜检查当天患者不能驾车、不能骑车，以免产生危险。
由于普通肠镜检查过程中，可能会产生比较明显的腹痛、腹胀症状，所以，目前临床上大多采取无痛肠镜检查。