甲状腺功能减退可以由于多种原因引起，但一般认为和缺碘，还是高碘，并无直接关系，多数情况下并非由于这两个原因所导致。
如最常见导致原发性甲减的自身免疫性甲状腺炎，即桥本甲状腺炎，通常与自身免疫因素有关系，并不存在碘多，还是碘少的问题。
在各种原因进行甲状腺手术后出现的甲状腺功能减退，主要是由于甲状腺组织被切除、甲状腺激素分泌减少所引起，也不是由于碘的变化而出现。
但是，某些情况下如地方性甲状腺肿，与缺碘有关。此时甲状腺功能可能表现为甲减。