雾化治疗的副作用有很多，主要包括诱发哮喘发作、出现喘憋现象以及药物的不良反应。
雾化治疗过程中，由于突然吸入的冷空气会对呼吸道黏膜造成刺激，对于有支气管哮喘的人群，很有可能会诱发支气管痉挛，而在短时间内加重支气管哮喘的症状。使用面罩进行雾化治疗时，部分患者可能会因为短暂地缺氧而出现喘憋和胸闷不适感。
由于雾化治疗会适当使用特定的药物，所以有可能会因相应的药物而出现各种不良反应情况。