全飞秒手术后遗症包括角膜眩光、干眼症、近视回退、继发性角膜扩张。
1.角膜眩光。若患者瞳孔偏大，或夜间在暗处时瞳孔反射性扩大，超过了角膜手术的范围，就会出现手术区和未手术区视觉的差异，导致角膜眩光，看东西模糊不清，有光晕。
2.干眼症。全飞秒手术需切削角膜基质层，术后可能发生角膜形态改变，从而泪膜稳定性发生改变，患者易出现眼睛干燥引发干眼症。
3.近视回退。若患者全飞秒手术前近视度数不稳定且度数较高，术后过度用眼，不注意护理，可能会发生近视回退的情况。
4.继发性角膜扩张。若患者本身角膜较薄，进行全飞秒手术对角膜进行切削，使得角膜变得更薄，眼压波动、眼压增高易引发继发性角膜扩张。