飞秒激光手术是有可能有后遗症的，任何手术对人体都是有一定的风险的。
飞秒手术由于术者水平、手术仪器以及本身的配合程度等一些不确定性，可能会发生一些后遗症。目前临床上常出现的后遗症主要有弥漫性层间角膜炎、早期的视觉不良、角膜基质层浑浊、眼部感染、屈光回退或者欠矫过矫、视力恢复延迟、干眼症等。
目前，飞秒手术虽然已经十分安全成熟，但是由于各种因素的影响，后遗症是有可能会发生的。但是只要选择正规规范的屈光手术中心，术前做好完备的评估和检查，术中听从医生指导密切配合，术后进行定期的检查，一般情况下是不会出现严重后遗症的。