新生儿器官发育在胚胎期，由基因所决定的，在发育过程中受到母体感染，或者母亲用药的影响，也可以造成后期的器官发育的畸形以及不完善的情况。还有就是由于各种原因引起的胎儿早产，导致胎儿在宫内还没有完全发育成熟就出生，也可以引起宝宝的器官会发育不良，比如支气管肺发育不良，这些情况需要在出生后给予表面活性物质治疗。
大部分的器官发育不良，可以通过医疗技术来纠正。比如，肺发育不良、先天性心脏病，建议孕妇在孕期定期进行产前检查，以及筛查一些遗传代谢病，及时纠正治疗，避免对孩子以后造成影响。