棘球蚴病首选阿苯达唑治疗，长期口服，耐受性良好，不良反应轻而少。
阿苯达唑可除有杀死原头蚴作用外，还可破坏棘球蚴囊的生长层。本药对不能手术治疗病人有一定疗效，长期服用对肝、肾、心与造血器官均未发见显著损害。偶有引起可逆性白细胞减少与一过性血清转氨酶升高。
手术治疗是包虫病首选的治疗方法，早期切除可完全达到治愈目的。手术中的方法及注意事项是对周围组织应进行严格的保护，以免发生种植及过敏反应。国外多采用囊内注射西曲溴胺，可视情况采用不同的手术方法。