引起乙肝大三阳的原因是感染乙肝病毒。病毒是复杂和多变的，同时受到多因素的影响，包括感染的年龄、病毒因素、宿主因素和其它外源性因素，比如同时感染其它肝病毒或饮酒等。
如果被感染者处于年龄较低、免疫水平较低，当乙肝病毒侵入体内的时候，乙肝病毒复制活跃，体内无法将乙肝病毒清除，患者与乙肝病毒处于免疫耐受的阶段，这时候容易形成乙肝大三阳。
将处于青少年或者是成年期感染乙肝病毒的时候，以体内产生免疫清除，多表现为急性肝炎，多数患者可以清除病毒，从而产生免疫力。