附睾炎一般是继发于其它的下尿路感染之后出现，也可以通过血行感染和淋巴途径感染出现。常见的病原体有大肠埃希菌、变形杆菌、淋球菌、链球菌等等。
在后尿道炎、前列腺炎、精囊炎等疾病发作时候，细菌可以经过输精管逆行进入附睾，从而诱发附睾炎，也可以经过淋巴管进入输精管，而导致附睾炎发作。
前列腺手术之后，由于射精管开放，可以导致在排尿的过程中有部分细菌沿尿液逆流进入射精管，从而导致附睾炎。此外，留置导尿管和进行尿道检查等操作时也可以诱发附睾炎的发作。