肛瘘的瘘口和瘘管可以通过指诊找出来。
肛瘘的瘘口分为内口和外口，连接内口和外口之间的就叫瘘管，在外口很容易发现，多在肛周出现的一个或者多个炎性孔洞。在急性炎症期排出脓性分泌物，静止期时闭合，位于体表很容易发现。
内口通常在齿状线附近肛窦处，肛窦反复发炎造成直肠黏膜水肿以及瘢痕组织广泛增生。通过肛门指诊有时候很难发现，必要时通过很好的麻醉效果，触诊结合肛门镜才能发现。瘘管通过触诊可以扪及到质地坚韧的条索状硬结通向肛内。