新生儿结膜炎能否自愈，要根据患者的感染情况来来判断。若患者炎症较轻，仅表现为结膜充血，这种情况是可以自愈的。
若患者表现为急性细菌性结膜炎的症状，比如睑红分泌物增多，流泪、查体眼睑肿胀、结膜充血水肿、结膜囊分泌物、甚至可在睑结膜形成灰白色伪膜，去除伪膜后可伴有渗血，这种情况必须使用药物进行治疗。
新生儿可选择的药物有妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏、并给予结膜囊冲洗治疗，必要时选用广普抗生素滴眼液。