肠道功能紊乱目前发病原因仍然不明确，可能和精神、心理因素、饮食、药物或者激素水平均有关系。
肠道功能紊乱主要表现为腹痛，患者会有不同程度的腹痛，严重的成绞榨样。也会表现为腹泻或者便秘，或者腹泻与便秘交替出现。
腹泻一般每日3到5次，少数严重发作可达十数次，而便秘一般表现为排便困难，粪便干结，量少，表面可覆粘液。
还会伴有其它消化道的症状，比如腹胀、腹痛、排便不尽感等。有些患者还会出现全身症状，比如焦虑、失眠、抑郁、头昏、头痛等精神症状。