卵巢囊肿与多囊卵巢的区别是：
1.超声表现：卵巢囊肿多为单侧，囊肿的壁比较薄，囊肿内可有多个囊腔。而多囊卵巢，主要表现为卵巢增大，卵巢包膜的回声增强，一侧或两侧卵巢各有12个以上直径为2~9毫米的无回声区，围绕卵巢边缘呈车轮状排列，连续监测未见优势卵泡发育及排卵迹象。
2.卵巢囊肿的肿瘤标志物，有可能会出现异常。而多囊卵巢的肿瘤标志物，一般是正常的。
3.卵巢囊肿一般不会对月经有多大的影响。多囊卵巢对月经的影响比较大，可出现月经量少或者闭经。
4.卵巢囊肿一般对女性激素的分泌影响比较小。而多囊卵巢可导致雄激素水平增高，发生多毛、痤疮等表现。