扁桃体发炎后部分具有自愈性，但是也有部分不能自愈，是否自愈主要取决于引发疾病的病因。
病毒感染所引发的扁桃体发炎，大多数都是可以自愈的。因为人体自身的免疫力和抵抗力，本身就具有清除病毒感染的功效，当扁桃体部位的病毒感染，因自身身体抵抗力清除干净之后，扁桃体部位的发炎症状就会自行好转。
如果扁桃体的发炎是因为葡萄球菌等细菌感染所引发的，因为大部分细菌不容易被人体免疫力清除，所以就不容易自愈，需要配合抗生素类药物来联合治疗。