慢性腹泻的原因有很多，最为常见的有以下几种。如胃肠道、肝胆以及系统性疾病等。
首先，胃肠道疾病很容易引起慢性腹泻，如肠道菌群失调以及各种肠道炎症或者肠息肉发生后，患者就会出现腹泻的症状，而且，如果严重的胃肠恶性肿瘤疾病，也会引起经常腹泻。
其次，慢性腹泻也可能是肝胆道或胰腺疾病引起的。如慢性肝炎、胰腺炎或者是比较严重的肝硬化以及胰腺癌、胆管癌等，常常会出现腹泻的情况。
最后，各种系统性疾病也会引起腹泻，如糖尿病、系统性红斑狼疮、甲亢等。