脑棘球蚴病是指棘球蚴经肝、肺、颈内动脉进入大脑后发生脑棘球蚴病。进入中枢神经系统后，第3周末发展为棘球蚴，第5个月可长到1cm。大部分幼虫在大约5年内死亡，但其中一些可以继续长成巨大的囊肿。
棘球蚴可在脑内形成占位作用，可压迫脑室系统增加颅内压，并引起脑实质损害，引起癫痫、偏瘫、偏盲、偏身感觉障碍、失语症等局部症状。
巨大的太空舱可以压缩并摧毁头骨。椎管内包虫病的主要病理改变是占位性压迫，如果它侵入神经根，会引起剧烈疼痛。