手术是治疗室间隔缺损的主要方法。室间隔缺损手术成功后，通常能取得良好的疗效。影响室间隔缺损术后预后的主要因素，是年龄和肺血管阻力。
年龄越小，肺血管阻力愈低，预后越好。无严重肺动脉高压和高肺血管阻力的患者，手术疗效通常很好，术后症状明显改善或消失，心脏杂音消失，活动耐量增加，心脏逐步缩小。
少数患者由于主肺动脉干扩大，导致术后仍可闻及收缩期杂音。术前肺动脉高压、肺血管阻力大于10单位的患者，约25%在术后5年内死于肺动脉高压。