临床上支原体感染最常发生在呼吸系统，可以形成支气管炎、支气管肺炎和肺炎。支原体感染呼吸道以后，患者可以出现相应的临床症状，例如咳嗽、咳痰、胸闷、气喘以及畏寒、发热。部分患者还可以出现肺外的临床症状，例如腹痛、腹泻、四肢关节酸痛以及心慌、心悸等不适。
如果支原体感染泌尿系统可以出现尿路感染，患者此时可以表现为尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症，患者多需要根据血常规、胸部x线或ct检查、尿常规、尿培养，重点是完善支原体的抗体检测。当支原体抗体IgM阳性时，多提示患者有感染的可能，如果是IgG阳性，多提示患者既往有支原体感染。