导致阴茎过短的疾病如下：
一、肥胖症，男性的身体过度肥胖，会导致会阴部的脂肪特别多，阴茎的发育就会出现异常，比同龄人的阴茎就会短很多，应积极地进行减肥，将体重降到合理的范围值，在必要时也可进行手术治疗。
二、生殖系统疾病，比如睾丸发育不全、睾丸炎等疾病，会导致男性体内的内分泌出现异常，使雄性激素降低，就可导致阴茎过于短小。
此外，阴茎的大小还与遗传因素有一定的关系，只要阴茎的大小不影响到正常性生活与生育能力，一般无需进行治疗。