阴茎短小的原因多数是因为先天性的发育异常所造成。阴茎短小一般是指在疲软状态下，阴茎长度小于4厘米，在勃起状态下阴茎长度小于8厘米。阴茎的发育主要与先天性因素、遗传因素等有很大的关系。
如果阴茎短小没有出现明显的临床症状，也不影响性生活或排尿，通常情况下不需要治疗。如果阴茎短小严重影响了正常生活，可以选择手术治疗。
后天性阴茎短小的病因，主要有长期从事放射线、高温等工作的男性，长期食用粗制的棉籽油等可以引起睾丸萎缩、包皮过长。青春期的时候限制阴茎的生长发育，也是造成阴茎短小的因素之一。