导致阴茎短小有先天性和后天性两大原因。前者是遗传因素的控制与影响，而导致阴茎短小。后天性的原因是体型肥胖、睾丸损伤、感染性疾病、睾丸发育畸形等异常导致。
较为常见的是患有内分泌疾病、运动或者是劳作过程中导致睾丸损伤、睾丸炎，睾丸发育异常引起的睾丸畸形、隐睾、睾丸缺失等。影响睾丸性激素分泌，导致血液性激素水平低下，从而会影响阴茎正常生长发育，出现阴茎短小外观。
需要临床专业手法测量、辅助性激素化验、染色体等检查，确定影响阴茎短小的疾病诱因。