颅内囊肿手术有危险，任何的手术都会存在一定的风险，尤其是脑部手术风险相对比较大。
当然，颅内囊肿手术的风险主要与囊肿的位置以及大小有关，如果囊肿的位置比较接近患者的脑干，进行手术治疗风险会比较大。如果囊肿的位置在大脑皮下层或皮层，距离脑干的位置较远，手术治疗的风险相对会小一些。
所以，符合手术指征的患者应选择权威正规的医院进行手术，在手术前应根据医生的建议做好术前准备，利于减少和避免手术中可能存在的风险。