胎儿一侧肾脏发育不良的原因，分为两个大的方面，一方面是孕妇本身，一方面是胎儿本身。
孕妇的原因，有可能是怀孕早期受到了感染，接触到了药物、一些射线、化学性的物质等，孕妇有吸烟、酗酒、吸毒等病史、孕期的妊娠合并症或者并发症、孕妇的情绪波动比较大，都有可能会造成一侧肾发育不良。
胎儿方面的原因，比如胎儿本身发育异常、胎盘因素以及宫内感染等，宫内感染会引起胎盘功能低下以及胎盘炎，进而会导致胎儿肾发育不良，胎儿本身发育异常更是直接导致肾发育不良的原因。