支气管堵塞的危害是很大的，当支气管发生不完全性堵塞时，可以导致其局部支气管痰液引流不畅，容易继发局部的感染，部分患者可以因此形成阻塞性肺炎。患者可以出现咳嗽、咳脓性痰，常可以伴有畏寒、发热，部分患者甚至发生咳血等症状。
支气管完全堵塞时还可以发生相应的肺叶不张，特别是全肺叶不张时患者病情更加危重，往往伴有明显的喘闷甚至呼吸困难。有时严重病例可以发生低氧性呼吸衰竭，而有颜面部的发绀等表现。
此外，引起支气管堵塞的疾病有时也很严重，例如支气管肺癌导致局部支气管堵塞时，此类患者多属于中晚期肺癌，其预后是不良的。总之，当发生支气管堵塞时要早期行支气管镜检查，根据情况采取相应措施来改善气道的通畅性。