肛门直肠闭锁的新生儿需要立即行手术治疗，否则有可能会引起生命危险。
肛门直肠闭锁是一种比较常见的先天性的消化道畸形，是发病率最高的消化道畸形，新生儿出生时会进行儿科的常规查体，会发现会阴部无肛门，患儿24小时内无胎粪排出，此时需要立即进行肛门直肠的彩超或者磁共振检查，明确畸形的分型，然后早期行手术治疗。否则新生儿会因为出现肠梗阻症状，引起身体巨大的消耗，严重者可危及生命。
术后应该积极的预防并发症，以及注意肛门括约肌功能的锻炼。