眼肌麻痹性偏头痛一般采用药物治疗。常用的药物有三类：
1.首选血管扩张剂，如复方丹参片、维脑路通、复发芦丁片等等。
2.其次应用大剂量的B族维生素，复合维生素B等等。
3.第三类是糖皮质激素，可以减轻炎性水肿。合并有鼻窦炎的应用抗生素作为辅助治疗，以减轻糖皮质激素所引起的并发症。
对精神紧张的患者，可以服用适当的小剂量镇静剂。积极治疗后，头痛一般在一周内消失，眼外肌麻痹多数在两周到两个月逐渐恢复。复发次数多的可以连续治疗半年。为减少复发，应避免过度疲劳精神紧张等等。