沙眼的确诊需要结合患者的病史、流行病学史，以及临床症状及体征、分泌物培养等才能诊断。需要到医院眼科通过相应的检查，才能诊断，患者不能自己诊断。
沙眼的临床表现为眼睛红、异物感、疼痛、结膜囊分泌物、畏光流泪、视力下降等症状。睑结膜巨大乳头或者滤泡生成，形成砂粒样外观。
但并不是沙眼才可以导致上述症状。一般的急性结膜炎、角膜炎患者也可出现上述症状。
确诊，还需要通过裂隙灯检查，才能发现其特征性体征以及分泌物培养，才能诊断。