治疗心房扑动的药物主要有以下方面的药物选择：
第一，控制心率药物，也就是减慢心跳的药物。心房扑动持续存在，常常引起心跳加快导致心慌、心悸或者胸闷症状发生。药物方面可以选择地高辛、美托洛尔一类的药物减慢心跳。
第二，维持窦性心律药物，也就是预防心房扑动再次发作的药物。目前常用的有胺碘酮以及普罗帕酮，或者决奈达隆等药物，需要在医生指导下选择服用。
第三，抗凝药物。部分研究证实，心房扑动也会引起血栓并发症发生，需要在医生的指导下选择华法林，以及利伐沙班一类的药物抗凝治疗。