腮腺炎的后遗症跟发生的年龄和腮腺炎的类型有关。细菌性腮腺炎治愈后，一般不会有后遗症。病毒性腮腺炎如果发生在儿童，后遗症一般会发生在神经系统或者是生殖系统，并且其后遗症都与炎症相关的，但是发生概率不大，只有少数人会产生后遗症。
其神经系统的后遗症包括了脑炎、面神经炎等。而生殖系统的后遗症，对于男性患者，如果治疗不及时，可能会导致附睾炎等疾病的出现，甚至可能导致成人后不育。对于女性患者，可能导致卵巢炎，但是通常情况下经过积极的治疗，是不会产生后遗症的。
所以，一旦患有腮腺炎，应该及时就医，对症用药。成人的病毒性腮腺炎很少见，且一般不会有后遗症发生。