大部分流行性腮腺炎的患儿预后良好，不会留下后遗症，但是临床上也有一部分患儿会留有不同的后遗症。
流行性腮腺炎主要是由于患儿感染腮腺炎病毒而引发的一种疾病，而腮腺炎病毒可以侵犯患儿多个系统以及多个器官，如果侵犯到孩子的神经系统，引发孩子出现脊髓炎，有可能会导致患儿出现偏瘫、麻痹等后遗症，也有可能会影响到孩子的听力，导致孩子出现听力障碍等后遗症。
所以在孩子患流行性腮腺炎期间，要注意休息、合理饮食，少吃难消化性食物，因腮腺炎还是一种消化腺炎症性疾病，患病会引起消化功能减弱。