对于肾盂肿瘤和输尿管肿瘤的病因，目前具体仍然不明。但是主要和三类有明确因素的病因相关：
一、受到化学致癌物质的刺激，
二、由于止痛片长期大量口服，
三、慢性结石刺激。
对于化学致癌物质刺激，主要是通吸烟饮酒以及接触染料、橡胶和塑料制品以及苯类化合物。经常反复刺激以及从事此类工作的患者是高危人群，对于长期服用慢性止痛药物，那么可能会与尿路上皮癌有一定关系。对于慢性刺激是由于结石导致，主要是患者存在肾盂结石反复摩擦肾盂粘膜，会导致尿路上皮癌的产生。而对于输尿管结石一般患者会存在肾绞痛，因此会得到及时的治疗。
因此，上述三类是目前可以明确找到诱发因素的病因，而对于一般大多数原因与患者本身的基因病变和染色体异常可能相关。因此，对于肾盂肿瘤和输尿管肿瘤主要做到早发现、早治疗。一旦出现无痛肉眼血尿，必须及时去泌尿外科进行就诊检查。