对于肾盂肿瘤和输尿管肿瘤并发症主要有四方面：
一、出血，
二、感染，
三、导致肾盂积水以及肾功能损害，
四、转移导致的并发症。
因为肾盂肿瘤和输尿管肿瘤都属于尿路上皮癌，肿瘤表面容易出血。因此，患者会出现无痛性肉眼血尿，甚至部分患者会有血块的排出，同时肿瘤在泌尿系统当中会增加泌尿系感染的风险。因此，患者会存在尿路感染以及输尿管肿瘤如果较大，堵塞输尿管通道，那么会造成泌尿系梗阻，肾盂内尿液无法下行进入到膀胱尿道，排出体外，长期以往会导致肾盂积水。
如果肾盂积水越来越重，会损害肾脏功能。同时，如果肾盂或者输尿管肿瘤是晚期导致转移，如转移到其他脏器如肝脏、肺脏或者骨，那么都会导致转移性肿瘤带来的症状，如全身疼痛、消瘦、乏力等并发症。