肛瘘可以通过临床症状就可鉴别和诊断。
肛瘘分内口、外口和瘘管，与直肠相通，主要的症状是表现为肛门局部出现肛旁红肿、瘙痒、发炎、反复有脓性的分泌物从外口流出肛门，大多数的肛瘘一般有肛周脓肿的病史。如果是痔疮，通常表现为便血，血液为鲜红色，也可有分泌物流出。直肠癌也可表现为便血为主要症状。
通过临床症状可以初步鉴别诊断肛瘘，然后做肛周磁共振，就可以明确诊断。肛瘘一旦形成后，需要及时做手术，才能够完全根治。