乙肝疫苗的不良反应包括第一方面就是24小时以内，注射部位可能出现触痛、疼痛，两到三天自行好转。比较罕见的不良反应有一到两周可能会出现一些一过性的发热及反映持续一到两天不需要特殊处理，可自行好转。
第二，就是接种部位可出现应急，这种这个硬结，一到两个月，可自行用吸收。还有最罕见的不良反应，就是局部的无菌性化脓用注射器抽取脓液破坏清除坏死组织病史比较长，最后可吸收愈合。
第二种就是过敏性的休克。在注射1小时内发生，及时的注射肾上腺素等抢救措施进行治疗。
第三个就是过敏性的反应，包括过敏性的皮疹、阿瑟反映阿瑟反映出现在接种10天左右，可用固醇的药物进行全身和局部的治疗。