卵巢巧克力囊肿有的可以治好。但是育龄期的女性，也有很多的患者在进行了手术治疗之后，并且也用了各种药物来预防复发，抑制残余病灶的增殖，仍然会有复发的可能。仍然有小部分人群最终需要根据疾病的发展，而进行再次手术的可能。
也常常会因为卵巢巧克力囊肿而导致不孕症的发生，即使是在治疗之后，也有很多患者最终不能自然怀孕。
但是接近绝经期的女性即使是不做手术治疗，只要病灶小，没有因此而发生恶变等，也有很多患者在绝经后会自动萎缩消失掉。