咽峡炎和疱疹性咽峡炎不完全一样。
首先，咽峡炎所致的疾病范围较广，可能引发咽峡炎的病因也比较多。副流感病毒、柯萨奇病毒、葡萄球菌、链球菌及螺旋体等致病菌，都有可能引发咽峡炎的疾病发作。但是疱疹性咽峡炎相对疾病的范围较为狭窄，引发疱疹性咽峡炎发病的原因，仅指的是肠道病毒、埃可病毒等病毒感染引发的咽喉不适疾病。
其次，疾病的自愈性不同。疱疹性咽峡炎属于一种自限性疾病，但是细菌感染等引发的咽峡炎则不具有自限性。