真菌性肠炎一般不会癌变。因为真菌性肠炎属于良性的病变，一般好发于免疫力低下、肠道有基础病变，或有旅游史的患者，临床上以2岁以下的婴儿发病较为多见。
多为由真菌感染肠道所致，表现为大便次数增多，稀水样便，有较多的泡沫，一般预后较好。但是，由于真菌性的肠炎为肠道深部的感染，所以临床上患者容易反复发作。
当诊断为真菌性肠炎时，就要及时接受治疗，不要延误病情，以免对肠道造成不可逆的损伤。患者在接受治疗时，一定要合理、规律用药，不要因为症状缓解或者是减轻而自行停药，并且要做好定期复查的工作。