原发性血小板减少性紫癜的病因至今还未明，但发病机制可能有以下两种原因：
第一，体液免疫和细胞免疫介导的血小板破坏的增多；
第二，体液免疫和细胞免疫介导的血小板生成的不足。
第一种，破坏过多，50%到70%到血小板减少病人的血浆和血小板表面，可以检测到一种或多种的抗血小板自身抗体，这种自身抗体致敏的血小板就会被自身的单核巨噬细胞系统吞噬破坏掉，使血小板减少，另外血小板减少的病人的细胞毒性t细胞，还可以直接的破坏血小板。
第二种，血小板的生成不足，自身抗体还可以损伤巨核细胞，或抑制巨核细胞释放血小板，巨核细胞可以认为是血小板生成的母细胞，这样就会造成病人的血小板生成不足，另外cd8+细胞毒性的t细胞，可以通过抑制巨核细胞凋亡，使血小板生成障碍。