男性阴茎上长小水疱时应如何治疗，需要根据患者有无致病诱因，及相关检查结果综合分析后决定。
如果在发生阴茎小水疱时，存在其他部位或呼吸道病毒感染时，考虑为病毒感染所致。这类患者血常规检查白细胞及C-反应蛋白无明显升高，但淀粉样蛋白A可升高，病情较轻者可不予以治疗，多可自愈。病情严重者，需要予以抗病毒治疗。
如果阴茎小水疱发生于剧烈性生活后，考虑为摩擦所致，多可逐渐恢复正常，暂时不能进行性生活。建议避免进食辛辣、刺激的食物，勤清洗阴茎，避免继发细菌感染。