阴茎上长出小水疱，最需要担心是生殖器疱疹。这是一种比较常见性传播疾病，是因为感染了单纯疱疹病毒所导致。
单纯疱疹类型包括了1型和2型，其中以2型最多见。在发病之前，一般都有不洁的性接触史。在以后一段时间内发作，常常反复发作。可以表现为局部水疱形成，伴有局部疼痛，有的水疱可以破裂，形成糜烂创面，有的在急性期发作可以有低热等全身表现。传染性越强的单纯疱疹复发的频率就越高。
另外，阴茎上出现水疱，也可以见于包皮环切手术以后，局部黏膜水肿出现水疱。还有少数局部过敏因素也可以出现阴茎水疱。