大多数慢性上颌窦炎的患者通过手术治疗后恢复良好，少数患者会出现反复发作的情况。
慢性上颌窦炎大多是由于急性鼻窦炎反复发作引起，在治疗时主要以抗感染治疗为主，疾病的发作期可以使用抗生素治疗，未确定病原菌种类之前，可以使用广谱抗生素，然后根据细菌培养以及药敏实验的结果，选用敏感的抗生素治疗，效果更好。
同时患者也可以通过鼻腔清洗、上颌窦穿刺清洗等方式辅助治疗。如果患者存在明显的解剖结构异常，或者使用药物治疗三个月后效果不佳，可以通过手术方式治疗。平时要注意休息，避免过度劳累，饮食清淡，少食用辛辣、刺激的食物，戒烟、戒酒。