真菌性鼻窦炎的处理方式，主要有药物治疗和手术治疗两种。
其中，对于临床症状并不严重的真菌性鼻窦炎，可以在发病的初期选择使用抗真菌类型的药物，例如酮康唑或者是克霉唑进行治疗，对鼻窦腔内存在的真菌的致病菌进行杀灭。
但是对于临床症状已经比较严重的真菌性鼻窦炎，考虑可能需要通过手术的方式，将存在真菌感染的鼻窦腔进行打开的处理。之后对其中存在的真菌性病变，例如真菌球等进行清理，再使用抗真菌药物进行杀菌治疗。