真菌性食管炎可以吃一些抗真菌类的药物，比如氟康唑、克霉唑、制霉菌素片等。另外，还需要根据患者所出现的症状对症选择药物治疗。
患有真菌性食管炎的患者，在服用药物治疗时应该在医生指导下进行，医生会根据患者的体质状况、病情的炎症程度，选择相应的药物治疗。如果患者盲目服用药物，有可能会导致食管内的黏膜损伤比较严重，出现其他副作用。
在治疗时，服用药物时要足量、足疗程，多是因为真菌性食管炎症病程比较长。如果不按治疗原则进行治疗，很容易导致复发。