脐肠瘘的手术方式有多种，以前采用将脐和瘘管一并切除的方法，这样不仅损伤了脐部结构，还导致了脐部缺失影响了美观。
现在采用脐下切口，在腹腔内将瘘管切段，肠段呈楔形切除吻合，脐侧段在腹壁外直视下行痿管皮肤侧环行切除，脐肠瘘管长度一般为4cm，直径数毫米至数厘米，对于瘘管相短的可直接游离瘘管，不必在腹腔内切断。
采用瘘管外翻切除保留脐，治疗脐肠瘘的手术方法，通过经脐瘘口插入导管后结扎切断瘘管，将瘘管外翻在腹腔外切除。