肺部真菌感染有时可以通过雾化治疗，但雾化治疗只是肺部真菌感染治疗的一个辅助治疗手段。
对于肺部真菌感染的患者，重点要早期口服或静脉使用抗真菌药物，才能更好地控制其病情。对于部分下呼吸道念珠菌、曲霉菌感染的患者，可以选用抗真菌药物雾化治疗，例如常选择两性霉素B雾化治疗，此药是广谱抗真菌药，雾化后可以协助控制气道的真菌感染。
此外，对于痰液黏稠不易咳出的患者，还可以选择乙酰半胱氨酸溶液雾化，使痰液稀释而易咳出。部分患者可以发生支气管痉挛和喘闷症状，还可选择特布他林雾化液雾化平喘处理。肺部真菌感染的患者，通过雾化治疗能起到一定改善症状、控制病情的作用。