咽角化症的治疗可选用药物治疗、手术治疗两种方式。
对于症状不严重的患者，可选用浓度适宜的碘化钾钠液等药物，对咽喉部位角化的黏膜组织进行局部的涂抹。同时配合口服抗生素类的药物，来减轻口腔及咽喉部位的炎症感染。药物治疗效果不明显，或者是角化的程度比较严重的患者，可直接进行腭扁桃体的切除手术，将病灶全部清除干净。
如果患者不希望对腭扁桃体进行切除，也可以尝试通过点烙或激光等方式，来拔除患处的角化物质，积极的对症处理。