消化不良要结合导致消化不良的原因来补充维生素。如果消化不良是慢性萎缩性胃炎导致，可以补充维生素B12和叶酸。如果消化不良症状很严重，不能正常进食，可以补充复合维生素。
如果消化不良是胃肠道功能紊乱导致，患者仍然能正常进食，每天摄入的营养素足够可以不用补充维生素。这类患者可以用一些针对消化不良的药物，比如胃肠动力药、多潘立酮和莫沙必利，还可以口服一些促进消化的中成药，比如健胃消食片。
部分患者还可以用一些肠道益生菌制剂，比如乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片。同时注意调整饮食结构，可以多吃一些膳食纤维含量丰富的食物。