肾结核的并发症主要是膀胱结核，膀胱挛缩，对侧肾积水。膀胱结核如果不严重的话,肾切除即可恢复，如果是膀胱挛缩的话，在膀胱病变愈合后，可用回肠扩大膀胱。由于对侧肾积水的原因不一样，所以治疗的方法也不同。
例如，膀胱容量正常，梗阻为输尿管口狭窄者可以切开管口或行输尿管膀胱吻合术，如果因膀胱容量小，尿回流以至肾积水者,宜行回肠结肠膀胱扩大术，同时移植输尿管于回肠或结肠上。
若病情不允许开展较大的手术的时候，可以只实行肾或者输尿管造瘘术。由于肾结核的并发症往往病情比较复杂，大都需要进行手术治疗，因此对于患者来说，尽早治疗肾结核，避免出现并发症是最好的办法。