肛窦炎只要经过规范治疗，也是可以治愈的，只是容易反复。
早期的肛窦炎主要是通过抗生素，抗感染治疗，也可配合药物进行灌肠。可用一些消肿止痛的痔疮栓塞进肛门，配合中药洗剂坐浴，能够消炎止痛。按照疗程积极治疗，也可以达到治愈的效果。
如果是属于急性期的肛窦炎，出现肛周脓肿，必须要及时做手术切开引流，然后再用中药坐浴、清洗。静脉点滴抗感染治疗，肛内塞栓剂消炎。
但是由于肛窦开口向上，很容易积存粪便，抵抗力下降时又容易引起复发。